Fanøhusenes indretning er stort set skåret over samme læst uanset husenes størrelse. En forstue (frangel) adskiller beboelse og stald. Beboelsen opdeles på langs af en hovedskillevæg. På hovedskillevæggens sydside ligger en stue (sønder donsk) med adgang fra forstuen og efter denne stue følger gerne endnu en stue og måske et kammer. På den anden side af hovedskillevæggen ligger køkkenet – ligeledes med adgang fra forstuen – og efter køkkenet følger en dagligstue (nørre donsk). I tilslutning til køkkenet er der spisekammer og i de store huse med to ildsteder er spisekammeret samt bryggersildstedet og den tilhørende bageovn anbragt i staldafdelingen. Stalden er yderst beskeden og har fortrinsvis rummet får og et par køer. Til stalden hører desuden en tærskelo.

Hvis et hus skulle mures i kalkmørtel, læskede man allerede kalken om efteråret, men ellers var klæg (ler) den mørtel man almindeligvis brugte. Klæg var der nok af, og den var billig. Stenene hentedes fra Måde eller Kjelst. Udvendig fugede man med muslingekalk eller stenkalk og derefter afstregedes det hele med hvid kalk. Husene fremstod med mørkerøde mursten, nogle huse er rød- eller gulkalkede.

I årene fra 1800 – 1850 erstattedes bindingsværk med grundmurede vægge. Hvor tidligere vægstolperne stod, forstærkede man murene med en murpille

De fleste huse byggedes på ”Syldstien”, som var større eller mindre kampesten, de lå synlige i jordoverfladen, så man var oppe over grundvandet.

Skillerummene var næsten altid gode norske brædder.

Loft, panel, døre og vinduer var hvidmalede med en blå tone. Ved alle dørgreb – både ved døre, skabsdøre og sengedøre – var der malet sort. På hjørnerne af dørlisterne var der messingskrueknapper, hvilke sammen med messingdørgrebene holdtes skinnende blanke.

Vinduerne var små, ca. 33 tommer høje og 36 tommer brede, 12 små ruder i hver karm. Der var kun et vindue i hver stue, der kunne lukkes op, æ slavinder.

Yderdørene (æ Yddedar) var delt i to, en øverste og nederste – æ Ovedar og Nejdar. I den øverste halvdel sad der en lille oval rude.

Over udgangsdøren fandtes det såkaldte ”Arkengab”, en luge hvorigennem hø (æ Hjøgel) og andet blev bragt ind på loftet.

Åbninger i murværket var udført som selvbærende konstruktioner med særligt formede eller stillede mursten, enten som vandrette eller buede stik. På Fanø kendes lige stik på huse over hele øen, mens de bueformede kun ses over halvdøre i Sønderhohuse. Specielt for Sønderho er at stikkene er skurede eller pudsede og enten hvidkalkede eller bemalet med striber i sort, grønt og hvidt.

N. M. Kromann skiver i sin ”Gammelmandssnak om Fanø” (1953), at på matroser og styrmænds huse var stikkene hvide, mens de på skipperhuse var malede med striber i sort, grønt og hvidt. En ældre Sønderhomand fortalte Kromann, at betydningen skulle være: 

Sort:               kampen for tilværelsen

Grønt:             fred

Hvidt:              hvile i alderdommen 

En anden udlægning er: 

Sort:               døden

Grønt:             håbet

Hvidt:              livet 

De ældre brønde var opført af kampesten, med klæg bagved, senere anvendtes mursten, med mos imellem stenene. Brønden kunne også være sat på ”sadder” (græstørv). Brønden (æ Kield) var enten vippebrønd eller en vindebrønd. Senere blev brønden erstattet af pumpen.

Møddingen (æ Modding) var nærmest en fordybning i jorden, uden tag eller indhegning, hvor aljen og regnvandet samledes i skøn forening.

Rundt om huset lå en brolægning af mindre kampesten, og foran indgangen enten en flad møllesten eller større kampesten.

Til husene hørte også en lille have, kålgården.

Gavltrekanten var med lodret bræddebeklædning, der var grønmalede.