Allerede en efterårsstorm i 1846, ødelagde dele af stendiget og en storm den 9. januar 1852 ødelagde hele stendiget.

Tingenes tilstand, får man et billede af i det brev, birkedommeren sender til amtet dagen efter ødelæggelserne

"Jeg har hermed, nylig hjemkommen fra Sønderho Kl. 8 Aften, at meddele Deres Højvelbaarenhed den sørgelige Efterretning, at Sønderho Sødige med Bolværket ved Stormfloden af Syd og Sydøst i Nat er ganske ødelagt og saa godt som jævnet med jorden. Ved den stærke Strøm og Bølgeslaget mod Diget, hvortil ingen for har set Magen, begyndte det i Morges Kl. 2 at slaa Huller i samme paa flere Steder ved Vandets Indtrængen gennem Fugerne imellem de stor Dacksten, hvorved Digerne ganske undermineredes, og efter en Times Forløb var det mineret lige til Foden. Kun 30 å 40 Alen af den sønderste Del er tilbage, og af det sønderste beskyttende Sandbjerg tilligemed hele den grønne Bedækning og Tjørnebackken oventil indenfor Sødiget er i det hele medtaget fra 5 til 25 Alen, ja somme Steder benved 30 Alen i Bredden fra Fodens Sider ind ad Landet til, saa at paa nogle Steder kun er 2 å 3 Alen Sandklitter tilbage, der jo er saa godt som intet mod Havets Magt og kun kan gøre svag Modstand, naar Stormfloder indtræffer, hvorved da maaske Halvdelen af Byen er udsat for Oversvømmelse, og Husene da blive fyldte med Vand, ja vel endog blive kuldkastede, ifald Vinden med det samme kommer til at rase fra det sydlige Hjørne. Det saa meget frygteligt ud, da jeg i Middags saa Ødelæggelserne paa Stedet. Og det værste er jo, at der ingen Redning er at se eller udfinde, men at Indbyggerne enten snart eller senere maa bestemme sig til at flytte deres Vaaninger til højere Steder eller lade det bero paa Lykken og Heldet, hvor længe de skulde have Hjem og Husly eller udsætte sig for en total Ødelæggelse. Sognefogden og alle forsikrer, at havde Vandets Stigen og Uvejret vedvaret en Time længere, vilde Oversvømmelsen alt denne Gang fundet Sted, da den Smule Klitter, som endnu er tilbage, især ud for Købmand Christensens Ejendom (Kroen) og endnu et andet Sted længere mod Syd, ikke længere kunde have modstaaet Vandets Magt. En stor Del Skibstømmer er og saa ved denne Lejlighed fra Skibsbyggepladsen gaaet til Søs. Efter Formening skal det endog beløbe sig til flere Hundrede Dele Tommer. Et lille Hus er nedfaldet og flere lidt betydeligt, saavel af Vinden som ved Vandets indtrængen. Ogsaa her i Nordby naaede Vandet en frygtelig Højde. Hos Købmand Johnsen slog det op mod Hoveddøren og ind. i Saltraffinaderiet, og en Del Tommer bortdrev. Dog haaber jeg ikke, at Værnet har taget nogen Skade. 6 å 8 Huse er bleven mere eller mindre beskadiget, men i mange er Søvandet gaaet ind og staaet højt over Gulvene. Da Floden var paa det højeste, var Nippet til at gaa ind ad min sydligste Gadedør og i en Baad, trukken af min Søn, der gik i Vand op til Livet, sejlede jeg bort fra mit Hus paa Landevejen til Kontoret, som er i Kontrollørhuset østen for Vejen. Sønderho Sogns Beboere ønsker meget, at Deres Højvelbaarenhed kunde tage Ulykken i Øjesyn." 

Stiftamtmanden sender skrivelsen videre til indenrigsministeriet der foranlediger, at vandbygningsingeniør C. Carlsen rejser til Sønderho for at bese forholdene og komme med forslag til en istandsættelse af diget og en forebyggelse af gentagelser for stormflodens rasen. Hans forslag lyder på et 800 alen langt dige, der vil koste 62.650 Rdl. at opføre, - et beløb som beboerne var uden mulighed for at rejse. 

Ministeriet spørger nu om hvor mange værdier der er tale om, hvis husene skal flyttes og sogneforstanderskabet svarer tilbage, at det drejer sig om godt 100 huse( ud af 203), og det vil koste godt 50.000 Rdl. For flytningen plus tabet af agerjord, opgjort til 30.000 Rdl. 

Der kom intet ud af sagen, og diget henligger s sin ødelagte stand 8 år, da en ny stormflod var på banen den 23. august 1860, der ødelagde endnu mere af diget, men der var ingen huse beskadiget. 

Nu forsøgte man selv at udbedre diget og gamle mænd, drenge og kvinder (den største part af mændene var på havet) gjorde alt for at reparere på diget. De kørte sand og tang og lagde sten ovenpå; således at lå diget frem til de første dage i 1866, da en ny stormflod gjorde skade på diget, men også denne gang uden at ødelægge huse.Man søgte i 1866 regeringen om hjælp, men fik afslag. Indtil 1874 blev der ikke arbejdet på diget, der i dette år fik udbetalt et større beløb fra komiteen der havde indsamlet penge til de skadelidte ved stormen 2. november 1872. med disse penge kunne man få diget opbygget og endda have penge til vedligeholdelse 

Ribe Stiftstidende beretter om stormfloden den 8. januar 1839, at den vestlige Bjergrække ved Sønderho ligesom den sydlige og østlige har lidt stor skade. "flere Favne er bortskyllet, saa den mod Havnesiden staar ganske brat.

Paa flere Sider er den gennemskaaren, hvorved Vejen for en lignende Flod er aaben for en stor Del af Byens Ødelæggelse, hvis der ikke forinden træffes kraftige Foranstaltninger". 

Ved stormfloden den 2. og 3. februar 1843, led Sønderho atter stor skade. Herom hedder det i Berlingske Tidende nr. 45: 

"Et Bolværk, der kort før var opført ved Havnen med en Bekostning af 2500 Rdl. i S., bortskylledes aldeles. Dette Bolværk var blevet anset for at være saa solidt, at ingen havde troet, det nogensinde kunde rokkes af selv den stærkeste Stormflod. Bolværket var opført med Erfaringer høstet fra den store Stormflod i 1839. tilliden til et Træbolværk var rokket, at anlægge et Værn af Kampesten, hvortil krævedes mindst 1000 læs, drøftes indgående af Beboerne, der for hver Stormflod syntes Utrygheden større, men Pengene dertil kunde det lille Sogn ikke alene udrede". 

En voldsom orkanagtig stormflod indtraf den 20. august 1845 og store engarealer blev oversvømmet, hvorved mange får og kreaturer druknede.

Et skib strandede på Rømø, et ved Sønderho, et på Horns Rev og fire ved Blåvand. Nogle dage efter stormen drev mange døde får og kreaturer i land på Fanø, de var druknet i engene ved Ribe. 

Natten mellem den 9. og 10. januar 1852 optrådte der ret pludseligt og overraskende en voldsom stormflod, den højeste siden 9. januar 1839. vandet steg med en utrolig hastighed til en højde der kun var et par fod under stormfloden i 39. I Sønderho kunne man sejle med både i gaderne. På Peter Meyers Sand voksede dengang klitter, men disse blev komplet sløjfet af stormfloden. Skibene der lå i havnen, blev alle kastet op på resterne af de klitter, der hidtil havde beskyttet byen, men som nu var bortskyllet af vandet.

I Nordby havde skibsbygmester Mechlenburg en galease på stabelen, den og alt skibstømmeret blev skyllet væk. Enkelte huse på havnen faldt sammen da vandet pressede sig på, og også her kunne man sejle i gaderne. Den gamle 92 årige skibsbygmester J. Brichs hus ødelagdes af vandet og den gamle mand og hans svage datter blev under livsfare, reddet ud af huset. 

Ved "Claus's Bjerg" var denne stormflod lige ved at bryde igennem klitrækken. Der var samme dag bryllup i "Krænsensgården", og både alle bryllupsgæsterne samt tililende folk måtte hjælpe med at fylde sandsække og dæmme op for havet.