Skolens bestyrer J. P. Pedersen, som i 1948 afløste Gustav Sørensen, gjorde flere gange myndighederne opmærksom på - ikke mindst gennem pressen - at en forbedring af uddannelserne var nødvendig, og at skolens kapacitet skulle forøges, hvis behovet for styrmænd bare nogenlunde skulle kunne imødekommes. 

Forstander Pedersen fik ansættelse som lærer ved Fanø navigationsskole fra 21. september 1914. Den 1. april 1947 blev han forfremmet til inspektør, og den 1. november 1948 blev han betroet embedet som forstander.

Forstander Pedersen underviste i mange forskellige fag: dansk, geografi, sømandsskab m.m. Og han varen meget dygtig lærer, der forstod at tilrettelægge sin undervisning sådan, at hans elever fik noget ud af det, samtidig med at undervisningen var præget af et vist lune og en til tider ikke ringe sarkasme, når dette var på sin plads. Der stod respekt om lærer Pedersens navn, det hørtes, når hans elever talte om ham både under skoletiden og i årene derefter. Da Pedersen fik betroet embedet som skolens leder, kom det som en ganske naturlig ting for Fanøboerne. Man kunne dengang ikke have tænkt sig nogen anden mand på den plads.

Forstander Pedersen havde også uden for sin skolegerning øvet en betydelig indsats i byens liv. Han var medlem af Nordby sogneråd fra 1937-43 og forstander for teknisk skole fra 1939-43. han blev medlem af menighedsrådet 1937, og fungerede som næstformand. Og med alt dette var det som med hans gerning i skolens tjeneste, det blev passet med den for bestyrer Pedersen så karakteristiske omhu.

Forstander J. P. Pedersen, Fanø navigationsskole, har søgt og fået bevilget sin afsked fra sin gerning fra 30. april 1954 på grund af alder, hvilket vil sige, at han har passeret 70-årsgrænsen.

Omkring 1950 stod det på Fanø da også klart, at en modernisering af den snart 60 år gamle skole var nødvendig, dels for at bevare skolen og dels for at være på højde med landets andre store navigationsskoler. 

I juni 1954 rejste en deputation bestående af sognerådsformand Marius Sørensen, bogtrykker Berg-Jensen, sognefoged Nørby Pedersen og toldforvalter P. Duysen sammen med navigationsdirektør H. A. Guldhammer ind til Handelsministeriet til forhandling angående ombygning og modernisering af Fanø Navigationsskole.

Guldhammer fremkom med de ønsker der var til anskaffelse af nye undervisningsmidler såsom et radaranlæg, ekkolod, gyrokompas og mange andre forskellige ting, såsom nye kompasser og sekstanter osv. Samt en væsentlig modernisering af radioafdelingen. Disse nyanskaffelser stod i 196.000 kr. 

Deputationen kunne rejse hjem med departementschefens ord for, at sagen ville blive forelagt ministeren hurtigst muligt, som ville anbefale sagen til hurtig løsning hos finansministeren og finansudvalget. I 1955 startede ombygningen og 300.000 kr. senere kunne man disponere over fire hele etager mod kun halvanden tidligere. Man fik yderligere et klasseværelse og et instrumentrum til nautisk afdeling, 2 rum til radioafdelingen, lærerværelse, bad, frokoststue og inspektørkontor.

Borgmester Marius Sørensen taler ved indvielsen i 1956

Lærerpersonalet i 100 Aars jubilæumsåret 1960: Øverste Række fra venstre: Fhv. Bestyrer J. P. Pedersen, Lærer K. H. Dyhr, Lærer P. Johansen, Læge H. J. Vestergaard. – Midterste Række: Lærer Stidsholt, Bestyrer A. Eskesen, Lærer J. Kastberg, Lærer  Edv. Fischer. - Nederste Række: Lærer T. E. Jensen og Lærer N. Aa. Mathiesen.