1860 - 1868     S. Hempel

1868 - 1894     C. Drewsen

1894 - 1914     L. Nic. Sørensen

1915 - 1948     Gustav Sørensen

1948 - 1953     J. P. Pedersen

1954 - 1966     Arne Eskesen

1967 - 1971     Knud Dyhr

1972 - 1986     Edwin Fischer

1987 - 1995     Erland Hansen

1995 -             Peter Frey

Forstandere: 

Fhv. ejer og bestyrer af Fanø Navigationsskole E. Drewsen var født den 10. pril 1835. han var oprindelig sømand og tog sin styrmandseksamen ved Københavns Navigationsskole, som han derefter var knyttet til en tid som hjælpelærer. I 1860 oprettedes Fanø Navigationsskole af et aktieselskab der samme år ansatte som lærer og bestyrer, Hempel, ligeledes udgået fra Københavns Navigationsskole. Hempel fandt sig imidlertid ikke tilfreds med forholdene på Fanø og byttede med Drewsen i september 1867. Drewsen var forretningsmand, han så snart, at skolen havde en fremtid foran sig og købte efterhånden aktierne i skolen, så han fra begyndelsen af 70'erne ikke alene var bestyrer med tillige ejer af Navigationsskolen.

Da ministeriet ved en lovændring i 1892 forlangte en ny skolebygning som betingelse for skolens godkendelse, solgte han, der ikke var villig til at opføre den forlangte bygning, skolen til L. Nic. Sørensen og fratrådte sin stilling den 1. april 1894. Han blev ved denne lejlighed dekoreret med Ridderkorset.

De mellemliggende år havde været en opgangsperiode for Fanø, skolen var godt besøgt og Drewsen, der var en dygtig og forstående skolemand, trak sig tilbage som en velhavende mand. Han flyttede til Gjeldsted, og kom kun til Fanø enkelte gange siden, skønt han endnu ejede den gamle skolebygning, hvor der siden blev toldbod. Sidste gang han var på øen var ved skolens 50 års jubilæum den 6. oktober 1910. 

Navigationsforstander Nic Sørensen, født i Århus-egnen 18. oktober 1848 og blev 66 år gammel. Han tog lærereksamen fra Lyngby Seminarium, var en tid lærer og kirkesanger ved en landsbyskole, og derefter en kort tid lærer ved Lyngby seminarium. Tog så udvidet skolelærereksamen.

Han ansættes ved Fanø navigationsskole 22. august 1875 og virkede som lærer, var lærer til april 1894, hvorefter han blev skolens ejer og forstander. 

Store kundskaber og i besiddelse af udmærkede evner; var ikke alene en dygtig og energisk skolemand, men en mand med mange interesser, både kommunale og politiske. Han var da også i sin tid indehaver af adskillelige tillidshverv, var i en årrække medlem af Nordby sogneråd og mangeårig søretsmedlem. For 20 år siden udgav han en lærebog i søret til brug ved undervisning på navigationsskolen. 

Uden tvivl var dog afholdssagen, den sag, der stod hans hjerte nærmest; for denne sag kæmpede han i 25 år som medlem af I.O.G.T. Det er næppe for meget sagt, at han her på Fanø, stod som afholdssagens fader, og når denne sag har gjort så store fremskridt da skyldes det ganske særlig ham.

Men ikke alene på Fanø arbejdede han for afholdssagen, nej næsten over det ganske land var han kendt og skattet som en afholdsagitator og foredragsholder af rang. Et utal af foredrag har han holdt i sin tid, ikke alene om afholdssagen, hans mangesidede uddannelse og interesse, hans sjældne evne til at forme sine ord så han kunne rive en hel forsamling med sig, bevirkede at han ikke alene på Navigationsskolen, men mange andre steder holdt et stort antal oplysende og belærende foredrag.

Han var dertil slagfærdig og kastede sig stedse med djærvhed ind i en debat, og der skulle en god debattør til at klare sig mod ham. Han var dertil en afholdt personlighed, som i vide kredse efterlader sig mange gode minder. Han var også frimurer, var dekoreret med Ridderkorset. 

Forstander Gustav Sørensen var født i Nordby som søn af forstander L. Nic. Sørensen. Han tog i sin tid matematisk artium og kom derefter på polyteknisk læreanstalt, et studium som dog af økonomiske grunde ikke blev fuldført, - faderen kæmpede hårdt for skolens overlevelse. Derefter var han matematiklærer ved forskellige kursus og blev så tilbudt en navigationsuddannelse af Kommandør Bildsøe, så med statsstøtte blev han uddannet som navigationslærer. Efter at have været til orlovs med panserskibet "Olfert Fischer overtog han et embede som matematiklærer ved Horslunde realskole på Lolland. Fra 1908 - 13 var han leder af navigationsundervisningen ombord i skoleskibet "Viking". Hans far var imidlertid blevet syg i 1913  og sønnen følte det da som sin pligt at tage hjem for at hjælpe sin far med arbejdet på skolen. Og efter faderens død overtog Gustav Sørensen Fanø Navigationsskole og drev den videre, indtil skolen overgik til statsdrift i 1921, stadig med Gustav Sørensen som forstander, og denne stilling beklædte han til den 1. november 1948 hvor han tog sin afsked. Inden overgåelsen til statsdrift var de økonomiske forhold meget vanskelige, og det løb ikke rundt uden at Gustav Sørensen havde taget et job som driftsinspektør ved forsikringsselskabet "Hafnia", de penge der her blev tjent, hjalp til at skolen ikke måtte lukke. 

Det var sikkert ikke let for ham at sige farvel til Fanø Navigationsskole, som i de mange års arbejde jo helt havde taget hans hjerte med. Han holdt af sit arbejde blandt de unge sømænd, han holdt af den gamle skole, som hans far havde bygget, og han elskede sit hjem derude. Der var han født, og der havde han fået en værdifuld last om bord til sejladsen over livets hav. I arbejdet på skolen fandt han glæden, glæden ved at se det spire og gro omkring sig. Forstander Sørensen gav ofte udtryk for, at han var en lykkelig mand - lykkelig både i sit hjem og i sit arbejde. Han lagde aldrig skjul på, at han var sin hustru og sin far tak skyldig, fordi livet formede sig så vel for ham. 

Arne Eskesen var født i Thy 1899, hvor hans far var klitplantør. I 1916 kom Eskesen ud at sejle, og han kom i 1920 til Fanø for at læse til skibsfører, hvorefter han igen sejlede til 1926. 

Eskesen kom igen til Fanø som lærer på navigationsskolen og blev i 1954 forstander, hvilket han var i 13 år. 

Eskesen var en blændende dygtig lærer og matematiker, og da computeren dukkede op, var han den første på Fanø, der fik en sådan og den interesse holdt hele livet. 

En anden stor interesse var badminton. Han var med til at starte Fanø Badmintonklub i 1939 og blev æresmedlem i foreningen. Eskesen var måske verdens ældste badmintonspiller. 

I omkring 40 år passede Eskesen den meteorologiske station på Fanø.  

Knud Dyhr var født i Viborg, fik skibseksamen i Svendborg i 1930 og var derefter løjtnant i marinen. Senere sejlede han som styrmand hos Svitzer, inden han gik i land og tog eksamen på Den polytekniske Læreanstalt. I 1942 blev han lærer på Navigationsskolen med søret som speciale. Senere blev han inspektør og i 1966 udnævntes han til forstander - en opgave han varetog med omhu, indtil han gik på pension. 

Edwin Fischer, er af gammel sønderhoslægt, og han tog sine nautiske eksaminer ved Fanø Navigationsskole, hvor han siden kom til at virke som lærer, indtil han blev knyttet til navigationsdirektørens kontor i København og blev medlem af eksamenskommissionen. 

I 1972 blev Edwin Fischer forstander på Fanø Navigationsskole, hvor han blev anset som en fremragende leder og underviser. Fischer skrev en række lærebæger indenfor radiotelegrafi. Indenfor uddannelsesområdet for fiskeri har han ydet en stor indsats. 

Knud Hvidtfeldt Dyhr gik som ung mand til søs og tog sine nautiske eksaminer ved Svendborg Navigationsskole. Efter nogle år som styrmand blev han knyttet til navigationsvæsenet, i 1937 som lærer ved Marstal Navigationsskole. I 1942 kom han til Fanø Navigationsskole, hvor han virkede først som lærer, senere som inspektør og sluttede som forstander.

K. Dyhr var anerkendt som en særdeles dygtig lærer og var afholdt og respekteret af sine elever gennem de mange år. De satte stor pris på ham for hans klare og friske måde at undervise på, og den gav også de gode resultater. 

Forstander Erland Hansen var opvokset i Vejen og kom i en ung alder til søs. Efter afslutning af sine nautiske eksaminer ved Svendborg Navigationsskole, sejlede han I rederiet J. Lauritzen som styrmand. 

Da Erland Hansen kom til Fanø, havde dansk skibsfart været igennem en række økonomisk hårde år. Det blev talt om manglende tilgang af unge til erhvervet, og truende meldinger om skolelukninger berørte også skolen på Fanø. Erland Hansen indså, at en overlevelsesmulighed for skolen var at vække politikernes interesse for skolen, og den store høring om DIS på skolen i 1988 har givet vist minister og politikere, at skolen på Fanø summede af aktivitet og var et aktiv for dansk søfart.