På Føhr havde der været navigationsskole siden begyndelsen af 1700-tallet og Fanø-sømændene tog deres eksamen der. En skibskaptajn, Heinrich Brarens, fik i 1796 af det kgl. Kancelli koncession på at drive navigationsskole på Føhr og udstede certifikater, der skulle have samme gyldighed som de der udstedtes på Københavns Navigationsskole. Da han i 1799 udnævntes til lods i Tønning, flyttede han skolen med. Han døde i 1826 og skolen fortsattes af Middelboe. I Tønning og senere i Flensborg, hvortil Middelboe senere flyttede skolen til, har mange af Fanøboerne taget deres nautiske eksamener, før Fanø fik sin egen skole i 1860.

Det fortælles om den i sin tid så kendte og dygtige skibsfører, Math. M. Andersen, at han som ung matros (omkring 1828) kom til Hamborg med et skib, der kun skulle opholde sig der, så længe losning og ladning varede, og her fik han tilbud om at sejle med skibet som styrmand, hvis han indenfor det nævnte tidsrum kunne erhverve sig styrmandbevis. Han rejste da til Tønning Navigationsskole, og på grundlag af sine praktiske kundskaber i navigation, blev han eksamineret af forstander Middelboe, der fandt ham kvalificeret til styrmands certifikat og med det i hånden blev påmønstret som styrmand. Andersen betragtedes som den dygtigste styrmand og senere skibsfører Fanø nogensinde har haft.