Navigationsvæsenet hørte oprindelig under Marineministeriet også efter 1893, senere lå det en kort overgang under indenrigsministeriet og fra 1908 lå det under Handelsministeriet, hvor Emil Krogh (LINK) blev kontorchef i søfartsafdelingen. Krogh kom i denne stilling til at øve en ret stor indflydelse på navigationsskolernes forhold i de kommende år; han samarbejdede tæt med bestyrer af Københavns Navigationsskole, Carl D. Neergaard, og spørgsmålet vedrørende læreruddannelsen lå dem begge stærkt på sinde. Foreningen til Søfartens Fremme anlagde fra ca. 1908 nye linier for navigationslærernes teoretiske uddannelse, hvorefter denne skulle adskilles med 1. del af den polytekniske eksamen i fagene matematik, fysik og rationel mekanik, i samme omgang som det krævedes for maskin-, bygnings- og elektroingeniører. Denne linie er senere blevet fulgt for alle navigationsskolernes egentlige navigationslærere, efter at lærernes ansættelse fra 1922 foretoges af Handelsministeriet og efter at navigationslærerne blev statstjenestemænd. 

Uddannelsen er baseret på at de pågældende er uddannet som navigatører (helst også med radioekspedientprøven til certifikat af II klasse), har sejlet som styrmænd og været hjælpelærere i mindst et år og har en skoleuddannelse, der afsluttes med matematisk studentereksamen. 

Fanø Navigationsfond 

Den 24. december 1890 meddelte generalkonsul H. Pontoppidan af Hamborg, Fanø Skibsrederforening, at han som et lille bidrag til oprettelse af en "Fanø Navigationsfond", havde skænket denne 1000 kr. i 3 ½ % indskrivningsbevis i Finansministeriet. Fonden tilhører nævnte forening, som administrerede den under kontrol af Nordby sogneråd. Med hensyn til fondens opgave meddeler giveren, at den skal være en hjælp til selvhjælp, alt i overensstemmelse med Skibsrederforeningens love. Kapitalen skal forblive urørt og forsøges bragt op til 10.000 kr. ved tillæg af renter og renters renter samt gaver.

Formålet med fondens virksomhed var at hjælpe og støtte uformuende, men flittige, ædruelige og lærevillige, unge danske sømænd, særlig dem der er hjemmehørende i Nordby, til ikke alene at tage styrmandseksamen, men samtidig at erhverve sig sprogkundskaber, navnlig tysk og engelsk. 

Kapitalen var i 1930'erne vokset til ca. 14.000 kr. og af dens understøttelse til 4 elever. Desuden ydes der fra forskellige sider understøttelser til eleverne samt fripladser. 

Fanø Navigationsskoles Jubilæumsfond 

I forbindelse med skolens 75 års jubilæum i 1935 opstod ideen om et jubilæumsfond og skibsreder Lauritzen gav 4000 kr. i startkapital, og ved indbetaling fra kaptajner og styrmænd voksede fondens kapital til 8000 kr. formålet for fonden var at støtte til flinke, unge og fortrinsvis mindre bemidlede sømænd, som søgte deres uddannelse ved skolen. Bestyrelsen bestod af kaptajnerne Larsen, Jacobsen og Clausen, skibsreder Lauritzen og kaptajn A. Nielsen.