Hempel afgik som bestyrer af Fanø Navigationsskole den 1. maj 1868 og afløstes af C. Drewsen, der var skolens bestyrer til 1. april 1894. Drewsen opkøbte efterhånden aktierne i skolen og har fra begyndelsen af 70'erne været dens ejer, indtil han, efter vedtagelsen af en ny lov om de 7 godkendte navigationsskoler af 30. marts 1892 og regulativ af 24. februar 1893, solgte skolen til L. Nic. Sørensen, der havde været lærer ved skolen siden august 1875. Som betingelse for skolens fortsatte eksistens skulle der opføres en ny bygning der blev indviet 21. november 1893. Murermester Thobøl og snedkermester Gyde Jørgensen, begge Varde, stod for bygningen og skabte her byens mest monumentale bygning og landets smukkeste navigationsskole. Bygningen med inventar stod forstander Sørensen i 72.000 kr.

Forstander C. Drewsen

Forstander L. Nic. Sørensen skaffede ved lån, som kommunen kautionerede for, kapital til opførelse af den nye bygning. De følgende år blev en opgangstid for Fanø Navigationsskole; i midten og slutningen af 90'erne lå denne skoles elevtantal i enkelte år over elevantallet ved de seks andre godkendte navigationsskoler. Det højeste antal, 66, forekom i 1898-99, senere faldt antallet af elever noget og steg hen imod slutningen af 30'erne. I 1940 var der på et vist tidspunkt 75 elever.

Da L. Nic. Sørensen den 22. august 1900 kunne fejre sit 25 års jubilæum som navigationslærer, havde han undervist ca. 1200 unge sømænd. Ved denne lejlighed hædrede eleverne ham ved at forære ham 2 smukke malerier og byens borgere gav ham et smukt guldur. Sørensen døde 10. september 1914. han var uden tvivl en fremragende pædagog. Han var Ridder af Dannebrog, translatør i engelsk, en tid medlem af Nordby sogneråd og Fanø Birks Søret og i flere lokale foreningers bestyrelse. Han har med Marineministeriets understøttelse udgivet et 266 sider stort værk om den private søret.

Hans mange elever, for hvem denne kundskabsrige mand var en fantastisk vejleder, betragtede ham som deres gode ven, der også havde faderlige følelser for den enkelte. Intet under et det at eleverne kaldte ham "Fatter".

Elever og lærere foran Navigationsskolen ca. år 1912. nr. 3 fra venstre i forreste række er min(Johs. Hansen) far D. P. J. Hansen (lærer). 

Ved 25 års jubilæet for skolebygningen i 1918, opgjordes elevantallet til siden skolens oprettelse i 1860:

1571 elever i 1. afdeling, 729 bestået  2. afdeling, 2451 bestået enkelte fag under 2. og 3. afdeling. Desuden har 24 bestået styrmandseksamen og 24 skibsførereksamen siden den sidste navigationslov trådte i kraft.

Efter L. Nic. Sørensen overtog sønnen Gustav Sørensen Fanø Navigationsskole, han havde bl.a. været skoleforstander på skoleskibet "Viking". På det tidspunkt da Gustav Sørensen overtog skolen efter sin far var Fanøs glorværdige sejlskibsperiode så godt som afsluttet. 1915 var der kun 4 af Fanøs stolte sejlskibe; de forsvandt i årene under og lige efter 1. verdenskrig. Efterhånden ophørte Fanøs ungdom med at gå til søs, og navigationsskolens elever blev med tiden rekrutteret andre steder fra, og at elevantallet har kunnet holdes oppe på det niveau, det har ligget på i Gustav Sørensens forstandertid, skyldes formentlig dennes energiske og omfattende agitation for sin skole i forbindelse med den velvilje og interesse, som rederiet J. Lauritzen har vist skolen gennem mange år. 

Forstander Gustav Sørensen var født i Nordby 1880 som søn af forstander L. Nic Sørensen og døde i september 1951. Han tog i sin tid matematisk artium og kom derefter på polyteknisk læreanstalt, et studium som dog af økonomiske grunde ikke blev fuldført, - faderen kæmpede hårdt for skolens overlevelse. Derefter var han matematiklærer ved forskellige kursus og blev så tilbudt en navigationsuddannelse af Kommandør Bildsøe så med statstøtte blev han uddannet som navigationslærer. Efter at have været til orlogs med panserskibet "Olfert Fischer overtog han et embede som matematiklærer ved Horslunde realskole på Lolland. Fra 1908 - 13 var han leder af navigationsundervisningen ombord i skoleskibet "Viking". Hans far var imidlertid blevet syg i 1913, og sønnen følte det da som sin pligt at tage hjem for at hjælpe sin far med arbejdet på skolen. Og efter faderens død overtog Gustav Sørensen Fanø Navigationsskole og drev den videre, indtil skolen overgik til statsdrift i 1921, stadig med Gustav Sørensen som forstander, og denne stilling beklædte han til den 1. november 1948 hvor han tog sin afsked. Inden overgåelsen til statsdrift var de økonomiske forhold meget vanskelige, og det løb ikke rundt uden at Gustav Sørensen havde taget et job som driftsinspektør ved forsikringsselskabet "Hafnia", de penge der her blev tjent, hjalp til at skolen ikke måtte lukke. 

Det var sikkert ikke let for ham at sige farvel til Fanø Navigationsskole, som i de mange års arbejde jo helt havde taget hans hjerte med. Han holdt af sit arbejde blandt de unge sømænd, han holdt af den gamle skole, som hans far havde bygget, og han elskede sit hjem derude. Der var han født, og der havde han fået en værdifuld last om bord til sejladsen over livets hav. I arbejdet på skolen fandt han glæden, glæden ved at se det spire og gro omkring sig. Forstander Sørensen gav ofte udtryk for, at han var en lykkelig mand - lykkelig både i sit hjem og i sit arbejde. Han lagde aldrig skjul på, at han var sin hustru og sin far tak skyldig, fordi livet formede sig så vel for ham.

1922 overtog Nordby kommune skolebygningen og påtog sig samtidig, at levere lokaler og inventar til skolen, mens staten overtog driftsudgifterne og afholdt lærerlønningerne.

Navigationselever og lærere ca. 1910