Det engelske kabinet traf mandag den 13. juli beslutningen om lynangrebet på Danmark. Den danske flåde måtte under ingen omstændigheder falde i Napoleons hænder. Det var ikke en fransk invasion, kabinettet primært frygtede. Det var derimod en afbrydelse af den vitale britiske søfart på Østersøen, som var afgørende for Englands krigsfinansiering – og for den britiske flåde, som fik sine strategisk vigtige forsyninger af tømmer, tovværk, sejldug, tjære og beg fra baltiske havne. 

Den engelske flåde viste sig i august 1807 i Sundet og en engelsk gesandt indfandt sig hos kronprins Frederik i Kiel den 6. august med krav om, at Danmark enten gik i forbund med England eller udlevering af den danske flåde, danskernes øjesten. Den selvsamme dag i Paris stillede den franske udenrigsminister den danske gesandt over for Napoleons ultimatum: tilslutning til fastlandsspærringen, eller krig.

16. august 1807 går englænderne i land ved Vedbæk nord for København og den 2. september begyndte Københavns bombardement, og den 7. september overgiver byen sig og flåden bortføres.

Samme dag som englænderne gik i land ved Vedbæk erklærede kronprins Frederik England krig, og den 21. august henvender Danmark sig til det øvrige Europa med en appel, hvor man fremhæver det skammelige krav om indgåelse af et forbund med England og kravet om at overgive flåden. Fra den 23. oktober udsteder kancelliet ordre om, at englænderne overalt i landet skulle anholdes og at al engelsk ejendom skulle beslaglægges. Især i de københavnske handelskredse opfordrer man til at fare med lempe, og påpeger, at Danmark har mange udestående fordringer i England, samtidig med at der allerede er opbragt over 500 danske skibe til en værdi af 15 millioner rigsdaler. Norges største handelspartner var England, og de havde også meget store tilgodehavender. Der var et meget stort ønske om at indfri alle danske fordringer i England, før der blev krig, men kronprinsen kan ikke lægge bånd på sit had til englænderne og kancelliets svar på bønnerne er en klar afvisning. 

Kaperreglement 

Den 9. september 1807 blev alle fyr beordret slukket og alle sømærker inddraget. Og den 14. september udstedtes det kaperreglement, der gjorde det muligt for civile, at opbringe britiske skibe og ladninger. 

Dansk-fransk alliance 

Der kom et fransk ultimatum om at tilslutte sig fastlandsspærringen eller belave sig på krig. Englands overfald på Sjælland gav den danske regering en begrundelse for at vælge den franske alliance og 31. oktober 1807 blev der indgået en dansk-fransk alliance i Fontainebleau. Danmark var nu i krig mod England, der besatte de danske kolonier, mens små danske kanonbåde og kaperfartøjer søgte at genere englænderne i de hjemlige danske farvande.

Frederik 6. Indgik i alliancen med åbne øjne. Han vidste, hvad det ville koste staten og samfundet – og han var helt bevidst om, hvor hårdt navnlig søfarten ville blive ramt af en krig med England. Men gennem seks lange krigsår overholdt han Danmarks allianceforpligtelser og forblev Napoleons allierede til den bitre ende. 

Efter at den fransk-russiske alliance var brudt sammen, allierede Rusland og Sverige sig med hinanden, og efter Napoleons angreb på Rusland gik også England med. Sverige havde af Rusland opnået det løfte, at de efter krigen ville få Norge som kompensation for tabet af Finland. Da russerne havde tvunget den franske armé på tilbagetog og i vinteren 1812 prøvede de at få Danmark til at tilslutte sig den anti-franske alliance, men da Rusland samtidig krævede frivillig afståelse af Norge til Sverige, blev Frederik 6.s svar afvisende.

Da det samlede regnskab efter krigen var gjort op så det således ud: Københavns bombardement og englændernes erobring af den danske flåde. Rigsfællesskabet mellem Danmark og Norge var ophørt. Danmarks status som mellemstor europæisk magt var borte, landet var gået bankerot, og den tidligere så blomstrende handel og søfart havde fået et alvorligt knæk som det sine steder tog tid at overvinde.

Under krigen var al langfart indstillet med dertil hørende tab af fortjeneste.