Den første rejse under dansk flag gik fra Liverpool d. 30. juli 1894 til Santos og videre til Punta Arenas og andre pladser i den californiske havbugt. Fra 17. januar til 22. marts 1895 lå skibet under lastning på forskellige pladser på Mexico kysten, herunder grundstødte det i nærheden af Lapotal, men ved at føre varpanker ud, lykkedes det hurtigt at få skibet flotbragt igen.

Den 5. april 1895 afsejledes fra Punta Arenas til Falmouth. Man mødte meget stormfuldt vejr på hjemrejsen, hvilket forlængede rejsen betydelig. Skørbugen hærgede besætningen, kaptajn Madsen, der var mest medtaget, døde efter længere tids sygdom den 19. august 1895, og da besætningen var meget udmattet af sygdommen, besluttedes det at søge nødhavn i Faial på Azorerne, som nåedes efter 144 dages rejse den 29. august 1895. I Faial døde yderligere to mand af besætningen.

Ført af 1. styrmand Peder Hansen Pedersen, der havde overtaget kommandoen efter kaptajn Hans Nielsen Madsens død, fortsattes rejsen til Hamburg via Falmouth. "Esmeralda" ankom til Hamburg 11. oktober 1895 efter en rejse, ialt havde varet 192 dage.

Den eneste gang, skibet sås i danske farvande, var i slutningen af 1898, da det ankom til København d.14. december på rejse fra Bismarck øerne via Batavia for proviant og med anløb af Punta Delgada på Azorerne for ordre. Skibet skulde videre til Kronstadt, men på grund af svære isforekomster søgte det ind til København, måtte ligge til begyndelsen af maj 1899, før rejsen kunne fortsættes. Efter at have losset sin last i den russiske havn indtoges trælast i Hernøsand distriktet til Melbourne.