Går man tilbage til begyndelsen i de gamle fangstprotokoller, kan man i nydelig snørklet skønskrift i falmet brunt blæk læse, at den allerførste fangst i Sønderho Gamle Fuglekøje fandt sted den 23. august 1867. Resultat: 1 (én) krikand! Men allerede 22. september var tallet steget til 32 krikænder, og to dage senere måtte 43 krikænder og 2 rødbenede (gråænder) lade livet. Herefter gik det slag i slag, indtil rekordåret 1887, hvor fangstmanden leverede 8773 ænder, heraf alene 7.993 krikænder. 

Protokollen fortæller også om vejrliget på fangstdagene, og den beretter overbevisende om, at også svømmeænder er ramt af konjekturstigningen: I 1887 indbragte gråænder 90 øre per styk, spidsænder 75 øre, pibeænder 60 øre og krikænder 35 øre. 

En af køjens for længst hedengangne forpagtere var i øvrigt sat under kuriøs mistanke: det sagdes, at han plukke lidt fjer og dun hist og her af hver and, inden de blev solgt. Dunene videresolgte han til fyld i dyner og skulle derved have oppebåret en ikke ringe ekstraindtægt. 

Fangsttiden  

Fangsttiden begynder når trækket indtræder. Det sker omkring 20. august, og der fanges kun om dagen ved højvande. Vejret skal helst være tørt og blæsende, i stille vejr og på regnvejrsdage fanges der ikke noget. September måned plejede at være den bedste fangetid. Når frosten indtræder er den forbi, ellers kunne der fanges hen til december. 

Omkostninger  

Omkostningen ved anlægget af en fuglekøje var ikke ringe. Med datidens lave arbejdsløn, billige materialer, kostede Køjen af 1866 ca. 8.500 kr. at anlægge, og Køjen af 1888, kostede noget mere. De årlige driftsomkostninger lå på ca. 1000,- kr. Køjen af 1880 (Thyssens Køje) var noget dyrere at anlægge. Der måtte ved anlægget også regnes med, at udbyttet fra køjerne de første 4- 5 år ikke kunne dække renterne ved anlægssummen eller driftsudgifterne. 

N.J. Anthonisen, der i 31 år var fangemester køjen af 1866, har i den tid fanget over 110.000 ænder. Antallet af ænder der under trækket sydpå, slår sig ned i bugten ved Fanøs østkyst anslås til at en enkelt flok kunne tælle mindst 100.000 individer. 

I 1960 lejede Vildtbiologisk Station Sønderho Gamle Euglekeje, restaurerede den og indrettede den som ringmærkningsstation. Køjen fungerer efter det gamle system, idet fangstmetoden dog som følge af svigtende højvandstræk i dagtimerne har måttet ændres til selvfangst. Kanalerne er blevet overdækket med trådnet og en tragtformet ruse anbragt ud mod dammen. Siden åbningen har man fanget og ringmærket over 12.000 svømmeænder, overvejende krikænder. Udfra genmeldinger har man kunnet klarlægge deres flyvetogter til og fra området.

Sønderho Gamle Fuglekøje er nu renoveret og ført tilbage til dens udseende, da den var i drift i sidste århundrede. Fuglekøjen er den eneste af sin art i Danmark og fungerer nu som et levende museum, hvor de besøgende kan få oplevelser og indsigt i det store fugleliv, der er i Vadehavsområdet gennem skiftende, årstidsbestemte udstillinger.

Der er en natursti rundt i køjen og på udvalgte tidspunkter gives en direkte formidling fra fangstmanden.
Oplevelserne skal følge naturens gang gennem året og man kan derfor besøge Fuglekøjen flere gange med stort udbytte.

Fuglekøjen blev genindviet ved en reception den 23. september 2006 på 140 års dagen for den første indvielse og en flot udstilling blev færdig i 2010.

 Til varetagelse af den fremtidige drift af fuglekøjen er Foreningen til Bevarelse af Sønderho gamle Fuglekøje oprettet.

”Terndals Patentkøje”  

Det var derfor ikke så mærkeligt, at driftige mænd spekulerede på at udnytte denne rigdomskilde og indfange fuglene mere rationelt og i større mængder end hidtil sket køjerne. Fabrikant S. M. Kromann, sønnen M. H. Kromann, snedker N. S. Jensen i Sønderho og gårdejer Jens Nørby spekulerede på dette i en del år. Det var deres agt at anlægge en køje med dam, hvorover der kunne slås garn, så at alle ænder i køjen blev fanget.

Efter anlæg af et par forsøgskøjer blev der under navnet ”Terndals Patentkøje” sidst i 1890’erne anlagt en køje nord for ”Thyssens Køje” efter det nye system, der virkelig viste sig at være fortrinlig med hensyn til fangstmåden, idet der ofte i et slag blev fanget mellem 200 – 350 ænder. Fejlen ved systemet var, at der efter en fangstdag skulle gå nogle dage, inden der kunne fanges igen, idet man jo fangede alle ænder og det daglige træk var derfor blevet forstyrret i nogle dage. Køjen havde som følge af alle de mange gjorte forsøg og eksperimenter kostet over 16.000,- kr. Der skulle indvies endnu nogle erfaringer for, at systemet ville være fuldkomment, og det mente de to unge mennesker, Jensen og M. Kromann, ikke at kunne vente på, hvorfor de rejste til Amerika. Køjen blev drevet endnu et par år, men måtte så nedlægges.

Ornitologer, navnlig adjunkt P. Skovgård i Viborg, har i mange år været på Fanø og ringmærket ænder – og for øvrigt også måger – der blev fanget i køjerne for derved at bestemme deres liv og færden.  

Fugletrækket var fuldt af gåder. Det er det stadig, men trækvejene er i hvert fald kortlagt, og det afgørende forarbejde hertil blev gjort ved Albuens fuglekøjer omkring år 1908. Efteråret 1908 havde diligencen fra Nordby ad Postvejen til Sønderho en fremmed ombord, foruden en fannikerpige og en spædlemmet, sikker og rank dame, som den fremmede kaldte sin sekretær. Ingeborg Lemming, høkerdatter og lærerinde fra København, havde ikke desto mindre været gift i snart tyve år med den énoghalvtredsårige lærer Hans Christian Cornelius Mortensen, Fugle-Mortensen fra Viborg, hvor han på katedralskolen og i den fine stiftsby gik under navnet Skrub.  

H. Chr. C. Mortensen, som han altid skrev sig, blev født i Jonstrup ved København, hvor faderen var seminarielærer. Som ung begyndte han på teologi og medicin, før han besluttede sig for naturhistorie. Men som så mange andre måtte han terpe med skolebørn for at skaffe til huslejen og kosten, og andet tog hans tid også: han var og forblev radikaler og livligt engageret, da Studentersamfundet blev stiftet 1882 i opposition til den borgerlige Studenterforening under forfatningskampene. 

Så han nåede aldrig at gøre sig færdig på universitetet, men fortsatte med at undervise og havnede ved katedralskolen i Viborg 1888 som timelærer i naturhistorie. Hvad han stadig var det efterår i 1908 undervejs mod Sønderho i den beklumrede og lavloftede diligence sammen med Ingeborg og fannikerpigen i den langnakkede hue med to små sløjfevinger på toppen. Han blev først overlærer fra det kommende nytår. Diligencen vuggede i trav sydpå ad grusvejen gennem Byen, men snart i langsommere og skumplende tempo, fordi vejen ud over heden og sydpå kun var et spor i sandet. Udenfor var intet at se. Lampepråsen i vognen gjorde mørket endnu sortere, end det i forvejen var under tordenvejret og regnskyllet, til Mortensens store beklagelse, for det var første gang, han og sekretæren skulle se Fanø. 

Carlsberg fondet havde velvilligst sat ham i stand til at begive sig til Fanø med sine aluminiumsringe og notesbøger i den kartoffelferie. Timelæreren havde givet viborgenserne mange anledninger til hovedrysten og undren, når han lå og kravlede på tagene i domkirkebyen og omegnens bondebyer og fangede storkeunger med ketsjer og satte ringe om benet på dem med fortløbende numre og inskriptionen: "Write to H. Chr. C. Mortensen, Viborg, Denmark, Europe”.

Hans stærekasser med klapfælder og snoretræk til villaen over for arbejdsanstalten var også mange gode vittigheder værd rundt om middagsbordene og ved l'hombrepartierne. Med større berettigelse, end de gode viborgensere kunne vide, for egentlig havde i hvert fald ringmærkningen af stærene, som Mortensen ofrede alt for mange år på, givet kummerligt med resultater. Pionerer bruger for mange kræfter på vildspor, Fugle-Mortensen også. Af mere end femten hundrede stære havde han kun fået tilbagemeldinger om tre.

Men den oktober var han, hvad han endnu ikke kunne vide, på vej mod hovedsporet i sin banebrydende indsats for at opklare trækkets destinationer. Fra barnsben havde han studeret natur. Faderen, en habil botaniker, havde lært ham det. Han fulgte krybdyrs liv, skrev om temperaturens indflydelse på mus, iagttog firbens vækst og levede først og fremmest for sine fugle. ”En Kunstner til at klatre i Træer,” skrev Johs. V. Jensen. "Den store tunge Mand forsvandt med en uanet Behændighed op i Træerne, som om hans Vej førte over dem. En overdaadig Fysik prægede ham, naar han saaledes færdedes i Naturen, et Overskud, en vellyst". Dette fysiske overskud var imidlertid ved at svinde, da han stod over for sin største indsats og de første afgørende resultater. Svækket af anæmi var han kun en skygge af sit fordums korporlige selv, da Johannes V. traf ham i Zoologisk Have engang, ikke til at kende igen, en tynd, hypokonder mand”. 

Men i disse halvsyge Aar var det, han gennemførte det lange Udholdenhedsarbejde med at mærke Fuglene.” Og skrive om det i artikler spredt rundt omkring i aviser og tidsskrifter. Hans force og det, der gjorde ham til pioner på feltet, var hans perfektionisme med bogføring, korrespondance og notater, men når han skrev, slog naturglæden og oplevelseslysten igennem, så han måtte male med mange farver for at få det hele med, fundomstændigheder, vejr og mennesker. 

Diligencen, fortæller han i en artikel om fanørejsen, standsede i buldermørke foran Sønderho vedbendhængte kro. Sekretæren blev indlogeret, men skønt det var sent på aftenen, måtte han ud og finde fangemesteren, han havde korresponderet med: ”At finde hen til ham alene i det ravende Mørke, vilde have været vanskeligt. Der var ingen Folk paa Gaden, og rundt omkring var man allerede gaaet i Seng; men to af Kroens Piger fulgte mig velvillig paa Vej, snart til højre, snart til venstre mellem de lave, straatækte Huse, der stod saa stille i Mørket, som om de sov. Nu traadte vi i noget Sandpløre, nu i en plaskende Vandpyt, men lidt efter stod vi da uden for Fangstmandens Hus, hvor der heldigvis var Lys endnu bag de smaa Ruder.” Det har været hos den da seksogtresårige fangermester ved den sydligste af Sønderhos to fuglekøjer, Jes Mathiesen Knudsen, hvis familie anlagde og drev køjen i fællesskab. Han sad oppe og ventede, men hvad der især optog Mortensen, var en lige så gammel kvinde i fanødragt: ”Det var den, der gav Rummet Poesi, stedfæstede det, saa man korn til at tænke paa de hvide Klitter og Havet uden for dem. Den Dragt fortalte vemodigt om Ro, som der endnu var en lille Smule tilbage af her, og om kærlig Freden af henfarne Slægters Skikke, medens alting andre Steder masede sig frem med Motorfart.”

En efterårsmorgen begav Mortensen og sekretæren sig nordpå ad Postvejen for at finde sporet ud til køjen, Vildtbiologisk Station driver nu, spejdende efter træerne, der skulle være om den, som Knudsen havde sagt. Endelig så de langt inde et filtret krat af småtræer ved klitterne, ,drejede altsaa brat af fra Vejen, styrede ind over Lyngen,   lige løs paa Klitrækken og Trætoppene, og stod snart foran Hegnet ind til Køjen”. Imod dem kom en arbejdsklædt mand med en sæk hængende fra den ene hånd og kruset i den anden, Sønderho gamle Fuglekøjes fangermester igennem mange år, N. J. Anthonisen, må det have været. For i skildringen af hytten med den lille kartoffelhave omkring, bistaderne og den søde duft af ny honning inde i hytten med de lyst ferniserede brædder, ,som om det var en Nybygger, en Trapper i et fjernt Land, vi besøgte”, nævner Mortensen, at fangemesteren om vinteren levede af at skære rav. 

Anthonisen var en af de fine ravdrejere, Sønderho var kendt for.Vi fik nu baaret en Sæk ind paa Gulvet, mens vi tog Plads, Sekretæren og jeg, lige over for hinanden ved Bordet, den ene med Notebogen, ' den anden med Tang og Ringe foran sig. Og saa kom det store Øjeblik, da den første And skulde hales ud af Sækken; det varede lidt, inden jeg fik ”Taget”, men det gik snart helt godt. Krikænderne laa ganske stille inde i den mørke Sæk og lod sig i reglen uden Omstændigheder tage frem. Saa snart som de kom ud i Lyset, kunde de begynde at strække Hals og forsøge at slaa med Vingerne; men vi lagde straks et Stykke mørkt Tøj over Hovederne paa dem, og saa laa de stille paa mit Skød og lod sig ringe.” 

Sammenlignet med de bånd af knortegås, der bølgede forbi udenfor, og de titusindvis af andefugle, der lettede i store skyer, var de hundrede små, livlige krikænder, som parret ringmærkede i løbet af to dage i Sønderho, ikke alverden. Og dog, sukker Mortensen, var de det, når han og Ingeborg hjemme på kroen kiggede i portemonnæen. Men ville de nogen sinde få noget som helst at vide om så få fugle ud af disse myriader? De fik tilbagemeldinger om seksten, det afgørende spring fremad i forhold til de magre resultater med stærene. Nu véd vi, skriver Mortensen, hvor i hvert fald nogle af vore krikænder tilbringer vinteren: i Holland ved Rhinmundingen, ved flodløbene forbi Angers i Frankrig, omkring La Rochelle i Biscayen og på bredderne af  Isle floden ved Bordeaux, ja helt nede i de store sumpdrag ved Guadalquivirs udmunding i den spanske Golfo de Cádiz under syvogtredivte breddegrad, hvor en lokal magnat nedlagde krikand nummer otteogtyve. Han blev så frapperet over H. Chr. C. Mortensens ring, at han forærede den til kong Alfonso den Trettende, der lige så begejstret lod ringen indfælde på kolben af sin jagtbøsse: ”Hvis Fangstmanden den Dag, da Ringen laa paa hans Bord i den ensomme Hytte paa Fanø, havde sagt til mig: ,Den Ring kommer saamænd nok i Kongen af Spaniens Besiddelse!” saa vil jeg have svaret: De har en livlig Fantasi, min Herre!” 

Der kom også tilbagemeldinger nordfra. Foråret efter omkom nummer fireogfirs fire svenske mil nord for Stockholm, åbenbart med kurs mod krikændernes store yngleområder i Finland. De lange trækveje begyndte at aftegne sig, og ornitologer fra Tyskland, Østrig-Ungarn, England og Skotland og Amerika tog hurtigt metoden op. Selv nåede Mortensen at mærke over seks tusinde fugle og en resultatprocent på i alt seks, uden de ulyksalige stære endda fjorten, inden han var så svækket af sygdommen, at han tog sin afsked fra Viborg Katedralskole i 1919 og døde syvende juni 1921.