Når Fanøskibene om efteråret skulle lægges op for vinteren, søgte så mange, der var plads til i øens havne, hjem til disse og her lå skibene godt i læ for vestenvinden og udgifter til vagthold eller tilsyn kunne spares. 

De næringsdrivende på øen havde så godt som alle parter i skibene, og de så gerne disse komme hjem om vinteren, idet provianteringen ved udsejlingen om foråret gav dem en ikke ringe indtægt.

På kong Frederik den VI’s 25 års regeringsjubilæumsdag 13. marts 1833 beretter Ribe Stifts Adresseavis, at der den dag flagedes fra over 60 skibe i Sønderho havn, og fra 1839 meldtes der om, at der i Sønderho havn lå over 50 større og mindre fartøjer i vinterleje. 

I vinteren 1856 lå der 16 galeaser, hvoraf den største var på 38 ½ K.L., 5 skonnerter, hvoraf den største var på 43 ½ K.L., 2 jagtbåde og 1 pram, alle gik de ud om foråret i ballast, deraf 8 til Norge, 6 til England, 3 til Højer, 2 til Sverige, 1 til Randers, 1 til Nyborg, 1 til Skotland, 1 til Nykøbing Mors og prammen til Husum. 

Det samme ca. tal for oplægning af skibe i Sønderho havn fortsætter til begyndelsen af 1870’erne, da de oplagte skibes antal årligt aftager. 

I efteråret 1866 var skibenes antal så stort, at det var småt med plads for skibene, og skipperne begyndte at skændes indbyrdes om pladserne. Man enedes til sidst om at lade skibsbygmester Emil Petersen udarbejde en plan at gå efter i fremtiden og for at fastslå, hvem der egentlig ejede ophalingspladserne Kalvekrog, Munchs Banke og Havneør, sidstnævnte senere bortskyllet af havet.

Besejlingsforholdene blev vanskeligere ved løbenes tilsanding og havnedybden aftagende; dette i forbindelse med, at skibene nu bygges større, gjorde for Sønderhos vedkommende, at byens skibe måtte søge vinterleje i østkystens havne. 

Efter Danmarks tab af Hertugdømmerne i 1864 forsvandt den livlige forbindelse mellem Fanø og kystbyerne og øerne sydpå, og antallet af de til kystfarten bestemte fartøjer mindskedes og forsvandt til sidst helt.