Man ved ikke præcist hvornår St. Anna kirke i Albo blev nedbrudt, men dens første afløser blev bygget i Rindby på et tidspunkt mellem 1524 og 1537 – måske efter den store vandflod i 1532 - og kirken i syd blev bygget i Sønderho mellem 1538 og 1945. Sct. Anna er nævnt i lensregnskaberne fra 1538, hvor den betegnes som ”Kircheby”, så mon ikke den blev brudt ned umiddelbart før Sønderho kirkes opførelse så man kunne genbruge materialerne?
I givet fald må det have været omkring 1540.

Fanø tilhørte kongen, så det må have været kongen, der finansierede kirkebyggeriet.

Derimod kan man se på de bevarende ansøgninger om bevillinger, at det har været de lokale selv, der skulle bekoste vedligeholdelsen. Det var et fattigt fiskersamfund, plaget af sandflugt. De havde aldrig penge, og søgte derfor bidrag fra Jyllands stifter og i mindre omfang fra de lokale selv.

Kirken ligger i Sønderhos vestlige udkant, hvilket er usædvanligt, da kirker som oftest blev bygget i byernes centrum. Faktisk blev kirken bygget centralt, måske endda lidt østligt beliggende, og det skyldes, at Sønderhos bebyggelse er mere østligt placeret i dag, end da den første kirke blev bygget.

Kirkens ældste del var et øst-vest vendt langhus ligesom i Rindby. Det bestod af 16 fag og var 18 meter langt og ca. 5,7 meter bredt. Bygningen var af teglsten, havde fladt bjælkeloft og murede teglhængte kamme over gavlene.

Allerede i 1604, da kirken var ca. 65 år gammel, var den omkringliggende kirkegård blevet forhøjet så meget pga. sandfygning, at kirkegulvet måtte hæves. Man skulle gå ned i kirken, når man kom udefra, og det gav problemer med vand på gulvet når det regnede.

I 1668 blev der tilbygget en kvist i kirkens nordvestlige hjørne. Den kan ikke have været bygget særlig solidt, for den blev allerede revet ned 70 år senere.

I 1716 blev kirken forlænget med 5 fag mod øst. Samtidig blev prædikestolen flyttet til sin nuværende placering midt for sydvæggen, og stoleværket kom også til at stå, som vi kender det i dag: Med østvendte bænke i den oprindelige langkirke, sydvendte bænke i de to kviste og med plads til 760 mennesker.

I 1738 måtte kirken forhøjes endnu engang. Samtidig blev den gamle, vestre kvist fra 1668 revet ned. I stedet byggede man to kviste på hver 6 fag på kirkens nordside, som man kaldte vester og øster kvist. De har åbnet sig mod langhuset i deres fulde bredde og haft sadeltage med gavle mod nord. Regnvandet fra de to inderste tagflader midt på taget blev opsamlet i en blyrende, hvilket utvivlsomt hurtigt har givet problemer med utætheder.

Våbenhuset på 3 fag var placeret foran syddøren i den vestlige del af bygningen.

Kirken havde intet tårn. I stedet hang klokken i en tømret klokkestabel på den østre side af kirkegården.

I lighed med kirken i Rindby har den første kirke i Sønderho været bygget af tegl. Og i lighed med kirken i Rindby har den nok ikke været ret solidt bygget. I hvert fald var begge kirker allerede tidligt plaget af forfald og nødtørftige reparationer.

Allerede i 1604 var den omkringliggende kirkegård blevet så meget højereliggende end kirken pga. sandflugt, at man måtte hæve kirkens gulv betragteligt fordi der løb vand ind i regn og tø. Denne reparation bekostede sognet selv.

I 1633, da kirken nærmede sig sin 100 års fødselsdag, stod det helt galt til, og menighedsrådet måtte bede kongen om hjælp:

„Eftersom dette fattige sogn er stadig af flyvesandet, dyrtid og anden sørgelig tilstand fordærvet, og landets næring, som er fiskeriet, i nogle åringer er aftaget, hvoraf vor kirke alene haver haft nogen indkomst, og efterdi denne fiskenæring for størsteparten er øde, haver vor kirke ingen visse (faste) indkomster, derfor kan den fattige almue intet formå at give til kirken, som nu er så brøstfældig, at den ikke kan beskytte alteret eller almuen (menigheden) for sne og regn, vover vi allerunderdanigst at bede Eders kgl. majestæt vor fattige kirkes armod med nogen almisse og hjælp nådigst at betænke.

Gud varmeligst belønne Eders kgl. majestæt med langvarig timelig og åndelig Velsignelse og anden slig Gode!    Amen."

Kirkens tag har altså været hullet som en si, og menighedens bøn blev hørt. Den 11. oktober samme år beordrede kongen, at biskoppen og lensmanden i Ribe skulle opkræve 120 rdl. af de mest velhavende kirker i Riberhus len og bruge pengene til Sønderho fiskerlejes kirke.

I 1668 blev kirken udvidet med en kvist i den vestlige side af nordmuren – den der senere blev erstattet af ”Vester kvist”.

I 1689 blev der afholdt et syn på kirken, foranlediget af provstskriveren Niels Jacobsen i Varde Syssel. Han sammenkaldte kirkeværgen Jens Nielsen med nogle af Sønderhos beboere til at overvære synet.

Synet er beskrevet i tingbogen:

„Først synedes gavlene og murene på den vestre ende af kirken. På samme gavl synedes, at der adskillige steder burde udhugges nogle mursten fra nederst og til øverst, eftersom stenene dér er formuldet, og nye sten at indsættes; siden gavlen overalt at repareres og med kalk at indsømmes.

Kammen på samme gavl behøves påsat nye tagsten og eftersømmes, eftersom de gamle er ganske borte, så muren står under åben bræk til største forrådnelse og skade.

Derefter synede vi tømmerværket inden i kirken og over loftet, hvor da befandtes en bjælke i den gamle kirke lige inden over kirkedøren, samt en i nordenden af kvisten, hver på 12 alen, som af ny vil være at indlægge, såsom de gamle er forrådnet.

Af bjælkerne i den østre ende af kirken er ved den søndre side afrådnet 4 alen. Behøver at skarres. 3 bjælker adskillige steder over kirken er afrådnet, behøver at fornyes. Til liggetræernes forbedring under tagstenene behøves 40 stykker.

Til overtækning på vestergavlen af kirkens kvist i stedet for de formuldede, nedfaldne og i stykker slåede behøves 20 tagsten.

Til loftskuddets forbedring behøves 2 tylter deller, efter som de gamle findes for en stor del forrådnet.

Foruden bemeldte brøstfældighed befandtes kirken ellers både ind- og udvendig i en eller anden måde meget brøstfældig, såvelsom klokkehuset på kirkegården, som alt behøver hjælp og reparation, men ellers syntes først bemeldte besigtigede brøstfældighed at være højst fornøden og først og fornemmeligt ville være at iagttage og forfærdiges uden længere ophold, såfremt kirken ikke i største omkostning skal geråde.

Samme besigtede brøstfældighed og dertil behøvende kalk, mur og tagsten, tømmer, lægter og deller m. m. vil ikke kunne indkøbes under 40 Sletdaler foruden båd og vognleje, embeds- og pligtfolk."

Man må gå ud fra, at synsrapporten har givet anledning til en fornøden reparation. Særlig grundig kan den dog ikke have været, for allerede 7 år senere, i 1686, må sognets præst Chr. Engelstoft igen søge kongen om hjælp til at få den ca. 145 år gamle kirke lappet sammen.  

Sognet fik derfor 20 rigsdaler, der var indsamlet i stiftets øvrige kirker. Det var langt fra nok, så året efter fik de 20 rigsdaler mere. Beboerne tilbød i den forbindelse ”godvilligt at indgå med noget, enhver efter evne, til deres brøstfærdige kirkes forbedring og desforuden med bådes og vognes forskaffelse, samt med tømmer, mursten og andet fornødent arbejde hjælpe, at dens kvist må kunne blive opbygget”.

Den ældste del, langkirken, trængte også til reparation, hvilket afsløredes, da der igen var kirkesyn d. 9. juni 1700:

Det ses bl.a. at:

„Kirkens overdel, nemlig bjælkerne, loftet, spærrerne, lægterne samt taget ganske er forrådnet og så brøstfældig, at dersom hvirvelvind — hvilket Gud nådigst afvende — kirkens overdel skulle anfalde, vil den blive aldeles ruineret.

Dernæst er både øster og vester gavlene meget forfalden, så der for disses nedfald må befrygtes.

Stolene i den gamle kirke er i lige måde skrøbelige, så folkene i de fleste næppe kunne sidde.

Ellers er kirkens kvist, som nylig er opbygt, vel ved magt, og en klokke, som ingen mangel er ved."

Byens borgere fik repareret kirken med egne midler og i 1716 havde de tilmed overskud til at udvide kirken med 5 fag mod øst.

Dog var den øvrige del af den oprindelige langkirke igen forfalden. Den var jo ellers lige blevet repareret på borgernes regning 17 år tidligere. Pastor Engelstoft ansøgte endnu engang om hjælp d. 4. februar 1717:

”I henseende denne liden kirke ingen korntiende eller i dettes sted en anden tilstrækkelig indkomst haver . . . Må det blive bevilget, at der ved bækkeners udsættelse for kirkerne overalt i Danmark, såvel i købstæderne som på landet, hvori en liden kollekt af Guds ords og Hans hus’ elskere måtte gives”.

Stiftsøvrigheden blev bedt om en erklæring, og efter et besøg på Fanø kunne biskop og stiftsamtmand meddele, at kirken trængte til en ”langt større og kostsommere reparation, end sognefolkene eragtes at kunne bringe tilveje”.

Kancelliet udbad sig et overslag over omkostningerne og et bud på, hvad beboerne selv kunne bidrage med, men tilsyneladende var ansøgningen forgæves, for man kan læse i liber daticus at ”efter kirken i 1716 var blevet forlænget og prædikestolen flyttet, forblev kirken i denne tilstand til 1738, da kirken igen blev forhøjet, den gamle kvist nedbrudt og 2 nye kviste eller sidebygninger ved den nordre side opbygt, hver på 6 fag, og befandtes kirken således i 1782, da den blev nedbrudt”.

Sognet ville godt nok også søge om hjælp til reparationerne og udvidelserne i 1738, men biskoppen skrev til dem, at de ikke skulle regne med kongens hjælp, eftersom der havde været rigtig mange andre forfaldne kirker, der skulle have hjælp.

Samme år blev der sat et højt plankeværk rundt om kirken for at beskytte den og kirkegården mod sandflugt. Eftersom der ingen hjælp var at hente hos kongen, var det beboerne selv, der erholdte udgifterne til plankeværket mod at blive fritaget for skatter og afgifter dette år. Til gengæld skulle beboerne også selv vedligeholde plankeværket. Det blev ligeligt fordelt, så hver husstand havde et stykke på 2*2 alen at passe.

I 1769 fik kirken sin sidste store reparation. Kirken blev udspækket, afpudset og kalket overalt, både udvendigt og indvendigt. Hele vestgavlen blev repareret og forsynet med murankre og hager. Endelig blev kirkens tilbyggede kviste understøttet med ”mange piller”. Det blev en dyr omgang på 92 rdl, 4 mk, 6 sk.