Præstegården vest for kirkegården er bygget i 1749 som privat bolig for den fynsk-fødte sognepræst Poul Zacharias Rafn. Huset er af bindingsværk og består af 16 fag. I 1794 blev huset købt af sognet til en pris af 854 rdl. og gjort til fast embedsbolig. Der hørte også en lade til på 11 fag.

Før 1794 havde der aldrig været en fast præstebolig i Sønderho. Det havde været årsag til talrige problemer for sognets tidligere præster, da deres udkomme var meget beskedent, og de derved havde svært ved at betale en rimelig bolig.

Om præsten Christen Jespersen ved vi, at han i 1585 fæstede et lille hus for 3 rdl., og Hr. Peder Laugesen Lipstrup forhandlede sig i 1685 til ”et gammelt forfaldent Præstehus for 9 Sletdaler.”

Det er uden tvivl det samme hus, hvorom det hedder i liber daticus, at det i 1628 i ufreds tid blev ”ganske fordærvet med grund, grøde og avling af Sandflugt, hvorover Hr. Peder Lipstrup tilforhandlede sig en anden præstegård for 326 rdl.; men nogle år derefter blev hans bolig og ejendom også af sandflugt fordærvet, så han også måtte rykke op derfra og bygge påny i marken på en udyrket jord. Dette sted kaldes Bjerges Leje, og blev han der bestandig til sin død og ejede al grund og jord i den mark.”

De efterfølgende præster boede på samme gård i Bjerges Leje til 1742, da pastor Engelstoft døde, og huset efterhånden var blevet så forfaldent, at det måtte nedbrydes. Det kan undre, at det lige var i Engelstofts tid, at huset blev så forfaldent. Det var netop Engelstoft der havde så mange forretninger kørende ved siden af sit præsteembede, at han om nogen må haft penge til at vedligeholde det.

Pastor Engelstofts adjunkt og efterfølger i embedet, svigersønnen Jens Lauridsen Foss, der i 6 år boede sammen med ham, købte i 1733 et hus med grund nord for kirken af Jens Riis, som siden flyttede til Jegsmark i Guldager sogn, for 300 Rdl.

Her boede han til sin død 1749 og hans enke til 1769, da huset på grund af ælde måtte nedbrydes.

Som ovenfor beskrevet lod Pastor Poul Z. Rafn en bolig opføre lige vest for kirken.

Det er den samme, som endnu er præstegård, og som hans efterfølger, Ove Foss, købte af ham for 860 rdl. Efter hans død blev den købt af Joh. Chr. Bierring, der altså solgte den til permanent præstebolig for efterfølgende præster i embedet.

Præsteboligen har også haft kongeligt besøg. Den 28. juni 1832 opholdt Kong Frederik den sjette sig i Sønderho præstegård fra kl. 10 til 12, i selskab med bl.a. sin svigersøn Prins Frederik Carl Christian.

Kirken, der i lighed med sin søster i Rindby ikke har været opført af særligt solide materialer, var i 1778 nået til et punkt, hvor selv en omfattende reparation ikke ville kunne redde stumperne.

D. 16. februar 1779 udarbejdede tømrermester Andreas Sørensen og murermester Morten Jensen Tarp et overslag over, hvad det ville koste at bygge en ny kirke på den gamles plads. Det kunne gøres for 2502 rdl., hvis beboerne selv hjalp med som håndlangere.

De regnede også på en billigere løsning, hvor man bevarede de to kviste mod nord, som til gengæld skulle forhøjes med næsten to meter, mens kirkens ældste del, langhuset og gavlene, skulle nedbrydes og bygges op på ny. Desuden skulle kirken udvides med 9 alen, for at give plads til flere mennesker og for at gavlene kunne blive lige. Denne løsning kunne effektueres for 1766 rdl.

I 1779 var fiskeriet på retur, og man var begyndt at få gode indtægter af skibsfarten. Det er derfor ikke overraskende, at sønderhoningerne foretrak at få en helt ny kirke.

Det lod man skinne igennem i et brev til kongen om bygningshjælp dateret 15. maj samme år:

Til Kongen!

Sidst afvigte år 1778 har vi for vore høje øvrigheder S. T. Hr. Stiftsmand Levetzau og Hr. Biskop Bloch i Ribe andraget Beskaffenheden  angående vor i mange år ringe værende og nu til gudstjenestens holdelse næsten  ubrugelige  kirke,  da  dens  højde  kun   er  5  eller  i  højeste  6  alen og uden  til 4½  alen  omtrent,  og  at gulvet  er i jorden  og  meget  dybere end  som  kirkegården,  hvorover  om  vinteren,  særdeles  når  tøbrud indfalder, kirkegulvet er overfyldt med vand, der undertiden er 1 kvarter højt (ca. 15 cm), så at der må lægges brædder at gå på; ja, det, som endnu er det allerværste, er, at når gudstjenesten forrettes og kirken er fuld af folk, drypper  så  meget  vand  fra   loftet,   at  præsten   og  menigheden   bliver   våde, hvorved i særdeleshed præsten og de, som gå til alters og må være der fra først til sidst, er færdige at tilsætte deres helbred, da også messeklæderne og bøgerne fordærves idelig, hvortil kommer, at man mange gange kun kan høre lidt af prædikenen, såsom kirkens lavhed og megen fugt og damp af folk, samt den idelige  dryppen stemmer præstens mæle  og  udtale, og derhos underdanigst bedet, at De som kirkens forsvar nådigst og gunstigst ville  behage  at  foranstalte   et  lovligt  synstagelse   over  denne  vor   kirke, som   De   og  har  behaget  at  efterkomme,  hvorpå   kirken   den   16.   februar sidstleden   af  kyndige   tømrer-   og   murmestre   i   provstens,   sognepræstens og nogle af sognefolkenes overværelse er besigtiget og befundet så brøstsfældig, at den ikke længere således kan stå, så at den  enten i  alt eller for  den  største  del må nedtages  og af ny opsættes  og  opbygges,  da  den efter taksationsforretningens indhold og overslaget, når den i alt af ny skal opbygges, vil koste den sum 2502 rdl. 4 mark 14 skill.; og når den nordre side med sine to udbygninger bliver stående, kunne  det øvriges  opbyggelse koste den sum 1766 rdl. 1 mark 13 skill, som Deres kongelige majestæt allernådigst vil behage at erfare af højbemeldte Hr. Stiftamtmandens og Hr. Biskoppens allerunderdanigste Erklæring.

Da, som vor kirke, nu endelig må istandsættes så snart muligt, på hvad måde Deres majst. allernådigst behager, dog er vi af de allerunderdanigste ringe tanker, at det er bedst, at den ren afbrydes og af ny opbygges og kirken slet intet har til bedste, da den ingen indkomst har uden den ringe kvægtiende og leje af stolestader, som medgår til dens årlige reparation, samt at vi som fattige skibsfolk og fiskere ej formår eller have evne til at bekoste mere eller andet end kørselen og pligtarbejdet, som vil falde os overmåde bekostelige her på byen, såsom vi skal leje til samme både heste og vogne samt folk fra det faste land, da her er få heste og mandfolkene er borte i farten fra foråret til Mortensdagstid, og pigerne om sommeren tjener andre steder, samt at konerne ej kan komme fra deres huse og børn, så bønfalder vi underskrevne på egne og hele sognets vegne herved allerunderdanigst, at Deres kongl. majst. af høj kongelig naade allernådigst vil behage at forhjælpe os til vor kirkes opbyggelse af ny enten i alt eller til dels, ligesom Deres majst. allernådigst måtte finde for godt, og at slig bekostning måtte udredes og betales af samtlige kirker i Jyllands 4 stifter, da vi og allerunderdanigst beder og indstiller, om Deres kongelige majst. vil behage at skænke noget; thi ved kollekts erholdelse bekommes, som bekendt, kun lidet.

Vi forhåber og forsikrer os allerunderdanigst om allernådigst bønhørelse, da vi fattige Kirkeejere uden samme må lade dette vigtige bero. Herom sukker og beder allerunderdanigst

Ove  Foss,                Mads Hansen,                 Mads Nielsen,                                 

Pastor, loci.                  Sognedegn.                      Kirkeværge.

Jens Nielsen,               Søren Brinch,               Th. Sonnichsen,

Sognefoged.                    Kroholder.                       Møller.

Thomas Pedersen, Anthonius Madsen, Jes Jensen Matthisen, Hans Brinch, Jørgen Anthonisen, Jens Sonnichsen etc.

D. 6. februar 1782 havde beboerne besluttet at bygge en helt ny kirke, også selvom de endnu ikke havde fået tilsagn om hjælp. Og det var heller ikke megen hjælp de fik: Kun en tilladelse til at opkræve 1 rdl. af hver kirke i Jylland.

Alligevel begyndte man at nedbryde den gamle kirke umiddelbart efter påsken 1782. Det var i starten af april.