En række forskellige forhold gør sig gældende, når man vurderer klitternes aktuelle tilstand, deriblandt de faktorer, der udgør trusler. Truslerne mod klitterne kan sammenfattes i fem forskellige typer: Sandflugt, erosion, slitage, tilgroning og tekniske anlæg. Dertil kommer luftbåren kvælstofdeposition, der eksempelvis på klitheden udgør en alvorlig trussel 

Sandflugt

For omkring 500 år siden eskalerede sandflugten som følge af en overudnyttelse af vegetationen, ikke blot til græsning men også til brændsel og tagtækning. Fra det 15. frem til det 18. århundrede skabte sandflugten store problemer, der på de mest udsatte steder fik katastrofale konsekvenser. Da den danske stat i 1800-tallet opkøbte store kystarealer, indledtes en ihærdig sandflugtsbekæmpelse, og klitdæmpningen begyndte for alvor at blive sat i system 

Klitternes vandring er de fleste steder blevet dæmpet eller helt standset ved plantning af  Sand-Hjelme og forskellige arter af Fyr (overvejende Alm. Bjerg-Fyr og Skov-Fyr. 

Den danske stat ejer i dag hovedparten af det landets klitareal, og i følge naturbeskyttelseslovens § 53 skal miljøministeren på de klitfredede arealer foretage depåkrævede foranstaltninger til dæmpning af sandflugt. Skov- og Naturstyrelsen varetager langt størstedelen af administrationen. 

Slitage

Klitterne hører til blandt de mindst robuste naturtyper i Danmark i forhold til friluftsliv og turisme. Selvom der ikke er foretaget systematiske landsdækkende undersøgelser af slid forårsaget af turisme og friluftsliv, kan man især i de sårbare klitområder på meget besøgte lokaliteter se, hvorledes menneskelig aktivitet sætter dybe spor. Geografisk set koncentrerer turismen sig ved kysterne, særligt ved den jyske vestkyst. For at begrænse slitagen søger man at kanalisere færdslen bl.a. gennem etablering og stabilisering af stier i både hvid og grå klit samt på klitheden. Den grå klit og i et vist omfang også klitheden udviser dog væsentligt større behov for pleje end den hvide klit, der er mindre sårbare overfor slid. Siden 1990 er indsatsen begrænset til primært at dæmpe, hvor ”væsentlige samfundsværdier” skal bevares, eller hvor sliddet er højt.

Erosion

Klitdæmpning har primært haft til formål at standse sandflugten og klitternes migreren over landet, men benyttes også visse steder som værn mod havets nedbrydning af kysten. Udover plantning af ovennævnte arter benytter man opsætning af lave hegn eller fyrreris i rækker på tværs af den fremherskende vindretning for at lejre og stabiliser sandet . Naturbeskyttelseslovens § 8 forbyder som udgangspunkt etablering af hegn på klitfredede arealer, men dette forbud undtager dog foranstaltninger til bekæmpelse af sandflugt.

Tilgroning

Som et resultat af sandflugtsbekæmpelsen er mange af klitterne i dag dækket af plantager, og som nævnt under afsnittet om klitheden, ser man mange steder selvsået Bjerg-Fyr brede sig på områder, der støder op til arealer med plantager. Sammen med Bjerg-Fyr udgør Rynket Rose de mest dominerende af de invasive arter i klitområderne. Især Rynket Rose er vanskelig at bekæmpe pga. dens dybtgående og kraftige rodnet, og hvor den breder sig, dannes der grundlag for en vegetationsudvikling i retning af krat, der slutteligt udkonkurrerer den naturlige vegetation helt. Fåregræsning kan, som det i udstrakt grad ses i den nordvestlige del af Storbritannien, have nogen effekt i bekæmpelsen af Rynket Rose, men græsning vil ofte være uønsket i de yderste klitrækker, hvor de rekreative interesser er størst. Ydermer er græsning i henhold til Naturbeskyttelseslovens § 8 ikke tilladt på klitfredede arealer uden forudgående dispensation.

Tekniske anlæg

Bortset fra sommerhuse er der uden for bymæssig bebyggelse ikke meget byggeri i de danske klitområder. Byggerier uden for klitterne kan dog indirekte have en væsentlig betydning. Dette ses eksempelvis ved Hirtshals havn, hvor materialetransporten har ændret sig i takt med udbygningen af havnen, hvorved en del af det sand, der tidliger blev tilført længer oppe ad kysten, nu i stedet lejres i og umiddelbart øst for havnen.

Luftbåren kvælstofdeposition

De danske klitter er, i lighed med de øvrige lysåbne, næringsfattige naturtyper, sårbare overfor øget næringsstoftilførsel, og selvom den luftbårne kvælstofdeposition er mindre i kystområderne end i resten af landet, er påvirkningen af klitterne ikke uvæsentlig