Ved siden af den teoretiske undervisning på navigationsskolen, gav et par mænd undervisning i både sømandskundskab og i andre fag i forberedelse til sømandslivet. 

I "Vestjyllands Dagblad" for 13. april 1881 bekendtgøre lærer H. J. Hansen, Sønderho, at han har oprettet en sømandshøjskole, der "optager enhver Sømand og enhver, som ønsker at uddanne sig til Sølivet. Der undervises i de til almindelig Dannelse hørende Fag, dog saaledes, at Undervisningen helt igennem vil blive afpasset efter Sømandens særlige Trang og Tarv og lagt Vægt paa at bibringe Eleverne fyldige og solide Kundskaber." 

Det var dog ikke det store hit blandt de unge, og skolen fungerede kun i et par år, hvorefter Hansen kastede sig over journalistikken.

P. H. Clausen	M. A. Warrer	P. Chr. Olsen

I 1895 oprettede skibsførerne P. H. Clausen, M. A. Warrer og P. Chr. Olsen en skole, som de kaldte "Fanø praktiske Sømandsskole". I programmet for skolen finder vi: 

"Hvad der først og fremmest vil blive lagt Vægt paa, er at lære Eleverne at arbejde i og med Baade, vrikke, ro, føre Varp og Trosser ud og ind, baade i en Brænding og at gaa ud fra en Strand med Baad, ligesom der vil blive meddelt Undervisning i Brugen af Redningsbaade og Raketapparat samt i Svømning. Alt sammen Ting, som vanskeligt siden læres om Bord i Langvejsfart eller i Dampskibe, da der kun sjældent gives Lejlighed til at komme i Baade, og mange Søfolk aldrig bliver fortrolig med disse Manøvrer, naar de ikke er lært, før de kommer til Søs. Dernæst vil der blive givet Undervisning i al slags Skibsmandsarbejde og Brugen af Kompas, Log og Lod samt Styring, og paa et Modelskib og herværende Skibsbyggeri vil der blive vist, hvorledes Stænger og Ror tages op og ned, samt hvad hver Del af Skrog og Rigning hedder. 

Der tilbydes endvidere Undervisning i Klatring, Gymnastik, Sprog, Kogekunst og Forberedelse i Navigationsundervisning."

Navigationsdirektør J. A. D. Jensen gav skolen sin bedste anbefaling og økonomisk støtte til starten blev givet af foreningen til Søfartens Fremme, Kjøbenhavns Skipperforening, Fanø Skibsrederforening og Fanø Sparekasse. 

P. H. Clausen henvendte sig yderligere til indenrigs- og marineministeriet, men det eneste han opnåede derved var at få overladt to gamle gigger, 2 kompasser og noget gammelt tovværk til samme pris, som ellers betaltes for de af orlogsværftet kasserede sager.

 Foruden den nævnte støtte, optoges et lån på 3.000 kr. i Sparekassen som bl.a. gik til indkøb af et ældre tomastet fiskerfartøj, der opriggedes op som topsejlsskonnert. 

Clausen opførte et hus, hvor der blev logi for eleverne, huset stod i 15.000 kr. og desuden blev der indkøbt en byggegrund til skolen. Alt i alt blev det 23.000 kr. der skulle forrentes, foruden lønninger til 2 lærere og bestyreren. 

Det første år havde skolen 26 elever, året efter 37 og det tredje år 45 og de følgende år i gennemsnit 25 elever frem til 1906, da antallet synker til 8. Året efter sluttede skolen af mangel på elever. Til praktisk træning af eleverne, havde skolen en kuf med navnet "Fortuna".