Skolens bestyrer J. P. Pedersen, som i 1948 afløste Gustav Sørensen, gjorde flere gange myndighederne opmærksom på - ikke mindst gennem pressen - at en forbedring af uddannelserne var nødvendig, og at skolens kapacitet skulle forøges, hvis behovet for styrmænd bare nogenlunde skulle kunne imødekommes. 

Omkring 1950 stod det på Fanø da også klart, at en modernisering af den snart 60 år gamle skole var nødvendig, dels for at bevare skolen og dels for at være på højde med landets andre store navigationsskoler. 

I juni 1954 rejste en deputation bestående af sognerådsformand Marius Sørensen, bogtrykker Berg-Jensen, sognefoged Nørby Pedersen og toldforvalter P. Duysen sammen med navigationsdirektør H. A. Guldhammer ind til Handelsministeriet til forhandling angående ombygning og modernisering af Fanø Navigationsskole.

Guldhammer fremkom med de ønsker der var til anskaffelse af nye undervisningsmidler såsom et radaranlæg, ekkolod, gyrokompas og mange andre forskellige ting, såsom nye kompasser og sekstanter osv. Samt en væsentlig modernisering af radioafdelingen. Disse nyanskaffelser stod i 196.000 kr. 

Deputationen kunne rejse hjem med departementschefens ord for, at sagen ville blive forelagt ministeren hurtigst muligt, som ville anbefale sagen til hurtig løsning hos finansministeren og finansudvalget. I 1955 startede ombygningen og 300.000 kr. senere kunne man disponere over fire hele etager mod kun halvanden tidligere. Man fik yderligere et klasseværelse og et instrumentrum til nautisk afdeling, 2 rum til radioafdelingen, lærerværelse, bad, frokoststue og inspektørkontor.

Borgmester Marius Sørensen taler ved indvielsen i 1956

Lærerpersonalet i 100 Aars jubilæumsåret 1960: Øverste Række fra venstre: Fhv. Bestyrer J. P. Pedersen, Lærer K. H. Dyhr, Lærer P. Johansen, Læge H. J. Vestergaard. - Midterste Række: Lærer Stidsholt, Bestyrer A. Eskesen, Lærer J. Kastberg, Lærer  Edv. Fischer. - Nederste Række: Lærer T. E. Jensen og Lærer N. Aa. Mathiesen.

Fra Radioafdelingen i 1963, fotos af Thorkild Sandbeck