Da skibet var tilrigget og delvist udrustet, afsejlede det fra Fanø Red d. 7. juni 1893 til Amsterdam. Den første rejse til Hollandsk In­dien påbegyndtes d. 17. august 1893, da man kvitterede lodsen ved Ymuiden. og 4. december 1893 kunne ”Emilie” efter 107 dages udrejse ankre på Macassar Red.

I februar 1899, på en rejse fra Amsterdam, løb skibet ind i en storm og en mand blev dræbt af nedfaldende rigning. Skibet ankom 138 dage senere til Soemalate efter en rejse med storm efter storm, sygdom og død.

Også i 1903 og 1904 havde barken en meget besværlig og ikke så lidt dramatisk rundrejse til Ostindien og Sydhavet. Om denne rejse, hvor både skib og hele besætning nær kunne være gået til, gengives i det følgende en beretning, skrevet og fortalt af havnefoged Nicolas Lorenz, Nordby, der var med "Emilie", mønstret som matros i nævnte periode: 

I året 1903, den 10. november, korn jeg om bord i barkskibet "Emilie " af Fanø i Amsterdam, og den 14. november afsejlede vi med stykgods til Mo­lukkerne i Hollandsk Indien. Pladserne, hvor vi skulle losse, var Macassar, hvortil vi ankom den 22. april 1904 efter 93 dages rejse, samt Banda og Menado. Efter udlosningen gik vi i ballast til sydhavsøerne, Gilbert og Marshall-Øerne. To mand af besætningen kom der i land på grund af malaria.

Vi lastede så kopra til Azorerne for ordre. Da vi nærmede os Kap Horn, blev vor kaptajn syg af beri-beri og døde, hans navn var Emil Becker, og han var fra København, (kendt som  styrmanden fra "Paul"). Et par dage efter døde 2. styrmand, Johansen, som var fra Bornholm, af samme sygdom, så på den måde var vi nu fire mand mindre.

Vejret var frygteligt, en forfærdelig storm med vinden imod rasede, så det var os ikke muligt at komme rundt Hornet. Styrmand Engel­sted, der var fra København, havde ikke længe haft observationer på grund af vejret og vidste derfor ikke bestemt, hvor langt vi var fra Kap Horn. Så lige i en klaring fik vi land i sigte på læsiden. Klar af kysten kunne vi ikke komme.

Vi var jo kun få mand til at manøvrere, og på grund af stormen kunne der ikke føres tilstrækkelige sejl, men lige som det så værst ud, fik vi pludselig øje på noget, der lignede en indsejling på kysten, så "Emilie" blev drejet og styredes ind, for om vi muligvis kunne få en chance til at redde livet. Det viste sig imidlertid at være et stræde, Le Maire Strædet. Vort skib havde fået en hel del havari, blandt andet på roret, som ikke kunne fungere rigtigt. Vi havde næsten ingen proviant, ej heller vand tilbage, så vi besluttede os til at gå ind til Falklandsøerne, til Port Stanley.

Ved ankomsten dertil den 30. oktober 1904 kom karantænelægen, om bord, og det viste sig, at vi alle var angreben af beri-beri. Styrmanden måtte i land og på hospitalet og var der hele tiden, mens vi lå der. Lægen ordinerede, at vi skulle spise rå rabarber og fersk lammekød, thi vore hænder var fulde af huller, meget forslåede og betændte. Efter en måneds ophold i Port Stanley, hvorunder skibet var blevet repareret, så at det atter kunne sejle, fik vi tre nye mand, og den 1. december 1904 fortsatte "Emilie" rejsen til Azorerne.

14 dage før vi nåede disse øer, i maj 1905,  sprang skibet læk, så vi måtte stå ved pumperne dag og nat. Da vi nåede ud for havnen ved Punta Delgada, kom slæbebåden med ordre om, at vi skulle fortsætte til Libau. Imidlertid kunne vi jo ikke fortsætte rejsen i denne tilstand, og der kom så en repræsentant fra assurancen i Køben­havn og besigtede skibet. Det blev bestemt, at lasten skulle oplosses og skibet tages på land. Al kobberforhudning blev taget af "Emilie", derefter omkalfatredes hele skroget, hvorpå nyt kobber blev slået på. Da disse omfattende reparationer var udført, kom skibet atter i vandet og lasten igen indtaget. De tre mand, som blev påmønstret på Falklandsøerne, blev afmønstret på Azorerne, i stedet for kom der nyt mandskab fra København.

Kun de fem tilbageblevne af den oprindelige besætning var stadig om bord, hvoraf vi to var hjemmehørende på Fanø, matroserne Hans P. Svarrer og Nicolas G. Lorenz. Da vi d. 10.6 1905 kom til Københavns Red, blev vi afmønstret. . . 

Sin sidste rejse havde "Emilie" i juli-august 1908, hvor den var af­sejlet fra Cuba bestemt til Le Havre med en ladning farvetræ. I Atlanterhavet mødte skibet svære storme og lå den 1. august underdrejet for klodsrebede mærssejl og stormstagsejl, da der om eftermiddagen jog en orkanagtig byge henover det,  hvorved det ka­stedes helt om på siden. Begge læ mærseskøder, forebram- og stængebarduner kappedes, men skønt de tilsvarende stænger straks gik over bord, forblev "Emilie"  liggende helt i overkrænget stilling.

Ved derefter at kappe storestængebardunerne gik hele storriggen og mesanstangen over bord, men for at få rigningen klaret helt bort fra skibet måtte man så tillige kappe mesanmasten, og dette rettede skibet op.

I løbet af de følgende dage blev en nødrig opsat, og da vejret havde bedret sig lidt, sattes kursen mod New York, hvortil man ankom den 31. august 1908.

Her viste det sig, at havariet havde medført så store skader på selve skroget, at "Emilie" kondemneredes, og d. 20. februar 1909 solgtes den for 950 dollars, hvor­efter skibet ombyggedes til lægter

Læs også om kaptajn Jacob Thomsens oplevelser med "Emilie" her

Kilde: F. Holm-Petersen, Rosendahl + K. Kannegaard